Farabi Değişim Programının başlayabilmesi için iki yükseköğretim kurumu arasında ‘’PROTOKOL’’ imzalanması gerekmektedir. Protokol; iki Yükseköğretim kurumu arasındaki değişimi ve anlaşmalı Fakülteleri gösteren belgedir.

Anlaşma süreci şu şekildedir;

• Yüksek Öğretim kurumu, anlaşma yapmak istediği yüksek öğretim kurumuna, üst yönetim tarafından imzalanmış fakülte ve bölümlerin belirtildiği bir Protokol sunar.
• Protokol, karşı kurumun Farabi Kurum Koordinatörlüğü tarafından incelenir, fakülte ve bölümler eşleştirilir
• Protokol üzerinde gerekli değişikler yapılarak Farabi Kurum Koordinatörlüğü tarafından üst yönetime sunulur.
• Üst yönetimin uygun görmesi doğrultusunda imzalanan protokol, anlaşmanın yapıldığı diğer Yüksek Öğretim kurumuna gönderilir ve anlaşma sağlanır.